Le dispositif assurance qualité est chapeauté par un Comité de pilotage stratégique (CPS) qui comprend le Recteur qui le préside, les Vice-Recteurs, le Secrétaire général de l’Université, le Délégué du Recteur à la Pédagogie universitaire, le Délégué du Recteur à l'informatique, le Délégué du Recteur pour le développement professionnel, le Directeur général de l’Hôtel Dieu de France (HDF), le Coordinateur et les membres de l’Équipe de pilotage opérationnel de l’UAQ. Il comprend également quatre Doyens et quatre enseignants cadrés représentant les 4 champs disciplinaires, et 2 représentants des étudiants. Il est piloté par le Coordinateur de l’UAQ
Ce Comité a pour fonction d’avaliser le Plan d’action annuel proposé par l’Unité assurance qualité, de valider les plans de remédiation, les rapports d’autoévaluation et autres. Ce Comité se positionne quant au rapport d’évaluation des experts des agences d’accréditation. Il gère le développement du Plan stratégique de l’Université, et s’assure de son alignement à sa mission, sa vision et ses valeurs. En particulier, le Comité :
Au niveau de l’Organisation centrale, les Vice-recteurs et les directeurs des services/entités contribuent à la transmission des données et des résultats à l’Unité pour clôturer le cycle qualité et rédiger le rapport d'autoévaluation. Les Vice-Recteurs nomment les responsables des projets d’amélioration et de gestion de la qualité.
À ce dispositif central, se greffe celui des institutions. Un Comité assurance qualité est créée dans chacune des institutions. Un référent y assure la coordination et le lien entre l’institution et l’Unité assurance qualité. Le Comité est responsable de l’évaluation de l’institution et de ses programmes, de la priorisation et la planification des améliorations nécessaires, de la nomination de responsables de projets d’amélioration et du suivi des projets.