La Mission de pédagogie universitaire est fondée en septembre 2012 sous le mandat du Recteur Salim Daccache s.j. Elle mène, depuis cette date, un grand chantier pédagogique institutionnel au niveau de toute l’Université. Ce chantier a été salué par les experts de l’agence ACQUIN dans leur rapport relatif à l’accréditation institutionnelle de l’USJ en 2019, accordée pour 6 ans et sans condition. Il vise à développer la qualité de l’enseignement en conformité avec sa mission, sa vision et ses valeurs et en conformité avec les standards internationaux. Ce chantier a débuté par des activités et un accompagnement autour de la rédaction d’un référentiel de compétences pour chacun des diplômes de l’USJ. Cette réflexion sur les référentiels de compétences a mené à la révision des programmes d’enseignement, assurant leur pertinence avec les besoins du XXIème siècle, ainsi qu'à la révision des pratiques pédagogiques. De nombreuses initiatives ont été mises en oeuvre pour mener à bien ce chantier : ateliers de formation, conférences, tables rondes, coaching individuel et institutionnel, mutualisation de bonnes pratiques à travers des carrefours d’échanges et une plateforme numérique, ainsi que la production d'outils dont deux manuels accessibles en version numérique et régulièrement revisités.
L’Université Saint Joseph de Beyrouth, plus que centenaire, est résolument tournée vers l’avenir et suit les avancées du monde de l’enseignement supérieur.
En 2003, sous le mandat du Recteur Salim Abou s.j., elle s’inscrit dans le Processus de Bologne, avant bien d’autres universités européennes, régionales ou nationales. Les institutions de l’USJ n’ont cependant pas attendu l’inscription de l’Université dans ce Processus pour développer leurs pratiques académiques et pédagogiques, en vue d’assurer l’excellence de leurs formations. La Faculté de médecine délivre déjà un diplôme de pédagogie universitaire adressé à ses enseignants. Entre 2004-2005, lors du mandat du Recteur René Chamussy s.j., deux structures sont fondées à la Faculté des sciences de l’éducation : l’Unité des nouvelles technologies éducatives et le Laboratoire de pédagogie universitaire. Cette Faculté délivre par ailleurs un Diplôme de Pédagogie universitaire ouvert aux enseignants du spérieur.
De nombreuses initiatives ont préparé l'institutionalisation de la Mission de pédagogie universitaire - MPU, au niveau de toute l’Université en 2012-2013.
