De manière générale, puisque l’institut d’études islamo-chrétiennes est un institut rattaché à la Faculté des sciences religieuses de l’Université Saint-Joseph de Beyrouth (Liban), sa mission s’inscrit dans la mission de cette dernière. Mais plus particulièrement, il vise l’approfondissement d’une compréhension mutuelle entre musulmans et chrétiens.

Les deux traditions religieuses présentes aujourd'hui au Liban, confrontées dans leur diversité aux défis de la modernité, cherchent à répondre aux interrogations vitales de l’homme contemporain. L’institut délivre dans ce but un enseignement fondé sur une méthode objective et interdisciplinaire.

Le dialogue est aujourd'hui  une exigence que partagent de nombreux musulmans et chrétiens. L’institut se propose d’offrir des espaces de rencontre, des pistes d’action commune, des programmes de sensibilisation ou de formation à la médiation interreligieuse.