L’Institut de Physiothérapie (IPHY) a été fondé à la Faculté de Médecine de l'Université Saint-Joseph, en 1956,

Suspendu entre 1967 et 1995, il reprend ses activités en 1995  au sein du Campus des Sciences Médicales. Il décerne alors  le "Diplôme de physiothérapie".

En 2002, l'IPHY débute l'enseignement du niveau Master en physiothérapie. Les 4 options de masters offertes sont :

- Master en thérapie manuelle et ostéopathie

- Master en physiothérapie des activités physique et du sport

- Master rééducation en neurologie

- Master recherche en physiothérapie

En 2010, un programme Diplôme Universitaire (DU) en Acupuncture Chinoise en partenariat avec l'Université de Tianjin de la médecine traditionnelle chinoise (Chine), a été instauré incluant une formation théorique offerte par des enseignants chinois au Liban et un stage pratique qui se déroule en Chine au sein d'un hôpital spécialisé en la matière.

En 2014, l'IPHY introduit le programme de "Doctorat en Physiothérapie (DPT)".