Ce cours vise à initier les étudiants à l’intégration de données de biologie moléculaire (signalisation, régulations transcriptionnelles et post-transcriptionnelles, etc.) au sein de cartes moléculaires détaillées et établies avec un formalisme graphique. De même, il traite la modélisation dynamique des réseaux biologiques. Ce cours inclut un aperçu des différents formalismes, une introduction détaillée (1) au formalisme logique (Booléen ou multi-niveau) pour les réseaux de signalisation et régulation cellulaire et (2) à la composition de tels modèles pour les réseaux multi-cellulaires. Ces parties seront suivis d’une application de ces approches à l’analyse de deux cas d’étude : (1) la différenciation des lymphocytes T et du rôle du micro-environnement, (2) la formation de patrons d’expression préalable à la formation des appendices dorsaux lors de l´oogenèse de la mouche. Le cours permet egalement une prise en main (TP) des logiciels GINsim & EpiLog.

Temps présentiel : 10 heures

Charge de travail étudiant : 50 heures

Méthode(s) d'évaluation : Analyse critique d'un article scientifique, Examen oral

Référence :
• GA Pavlopoulos et al (2011) Using graph theory to analyze biological networks. BioData Mining 4(10) • Seebacher & Gavin (2011) SnapShot: Protein-Protein Interaction Networks. Cell 1444 • H De Jong (2002) Modeling and simulation of genetic regulatory systems: a literature review. Journal of computational biology 9 (1), 67-103. • B. Ingalls (2013) Mathematical Modelling in Systems Biology: An Introduction. MIT Presshttp://www.math.uwaterloo.ca/~bingalls/MMSB/ • N Le Novère (2015) Quantitative and logic modelling of molecular and gene networks. Nature Reviews, Genetics 16. • A. Naldi, C. Hernandez, W. Abou-Jaoudé, P.T. Monteiro, C. Chaouiya, D. Thieffry, Logical modelling and analysis of cellular regulatory networks with GINsim 3.0, Front. Physiol., 9, pp. 646, 2018 • Varela PL, Ramos CV, Monteiro PT and Chaouiya C. EpiLog: A software for the logical modelling of epithelial dynamics [version 1; referees: 2 approved]. F1000Research 2018, 7:1145 • Abou-Jaoudé W. Monteiro P.T., Naldi A. Grandclaudon M. Soumelis V. Chaouiya C. Thieffry D., Model checking to assess T-helper cell plasticity, Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2:00086., 2015 • Fauré A, Vreede BMI, Sucena É, Chaouiya C , A Discrete Model of Drosophila Eggshell Patterning Reveals Cell-Autonomous and Juxtacrine Effects, PLoS Comput Biol 10(3): e1003527, 2014