تحدّد شرعة جامعة القدّيس يوسف رسالتها وقيمها ورؤيتها، وهي تدور بصورة خاصّة حول بُعدين أساسيين، التعليم والبحث، يضاف إليهما بعدٌ ثالث هو خدمة المجتمع.

إن جامعة القدّيس يوسف هي جامعة تعليم وأبحاث، تتطلّع إلى التميّز وإعداد أفضل الطلاّب في لبنان والمنطقة، وتزويدهم بجواز عبورٍ إلى سوق العمل. وتتمسّك الجامعة بإنماء الحوار عن طريق الثنائيّة الثقافيّة وتعدّد اللغات، وبالاستمرار واحةً للتفكير وللتنشئة المتكاملة.

تحثُّ شرعة الجامعة جميع الذين يشاركون في الحياة الجامعيّة أن يلتزموا تعزيز روح الحريّة الشخصيّة والانفتاح على الحياة الروحيّة. إنّ جميع أفراد الطوائف الدينيّة-والتعدّدية واحدة من سمات المجتمع اللبناني- مدعوون إلى المشاركة معًا في هذا التعزيز الذي يفترض المعرفة والاحترام المتبادل. وتُعلن الشرعة أن جامعة القدّيس يوسف ترفض أن تكون في خدمة طبقة اجتماعيّة أو جماعة عرقيّة بصورة حصريّة، لذا تُولي اهتمامًا خاصًّا بالتنوّع في أساتذتها وطلاّبها. وهي ترفض أن تخضع لأيديولوجيّة معينة، وتسعى إلى المحافظة داخل أحرامها على حريّة التواصل والحوار، طالما أنّها لا تتعارض مع النظام العام والنشاطات الأكاديميّة. وهي بانتمائها إلى مجمتع معيّن، تأمل بأن تكون الخميرة الصالحة فيه.

تعطي جامعة القدّيس يوسف أهميّة خاصّة لـ» رسالتها الثالثة« أي خدمة المجتمع. وهي رائدةٌ في هذا المجال ومبادراتها مثاليّة: اعتماد التمثيل النسبيّ في انتخابات الهيئات الطلاّبيّة يسمح بتمثيل أفضل للتنوُّع السياسيّ ومشاركة أوسع في الحياة الديموقراطيّة؛ التطوّع في إطار «عمليّة اليوم السابع» يساهم في الالتزام المواطنيّ وفي اكتساب القيم الاجتماعيّة، والوطنيّة والإنسانيّة؛ النشاطات الثقافيّة التي تنظّمها الهيكليّات الطلاّبيّة المختلفة تتيح لكلّ واحد ممارسة كفاءاته ومواهبه لتنشيط الحياة الطلاّبيّة...إلخ.