تضمّ جامعة القدّيس يوسف 13 كليّة و24 معهدًا عاليًّا أو مدرسة متخصّصة، ومركزًا مهنيًّا للوساطة، موزّعةً على خمسة أحرام في بيروت، وثلاثة مراكز دروس جامعيّة في صيدا، وطرابلس وزحلة، ومركز دروس جامعيّة تابع لكليّة الحقوق في دبي (الإمارات العربيّة المتّحدة.(

تعتمد الجامعة منذ العام 2003 النظام الأوروبيّ لاحتساب الأرصدة المتراكمة والقابلة للتحويل ، وهو نظام أُقرّ في مدينة بولونيا الإيطاليّة، وتبنَّى إعادة النظر في المراحل الدراسيّة الجامعيّة، وخَلُصَ إلى ضرورة توحيدها على الصعيد الأوروبيّ عبر اعتماد ثلاثة مسارات دراسيّة: الإجازة والماستر والدكتوراه. يحصل الطالب في كلّ مسار، بعد إتمامه بنجاح، على شهادة أوروبيّة قابلة للتحويل من جامعة إلى أخرى في كلّ الجامعات المعتمِدة لهذا النظام. وعليه تقسّم الدروس في جامعة القدّيس يوسف إلى حلقات تعليم متجانسة، تسمّى مسارات. وتتنوّع شهاداتها واختصاصاتها، وهي في تطوّر وزيادة مستمرّين، من ناحية الدرجة الأكاديميّة والاختصاص.