L’USJ, fondée en 1875, a longtemps fonctionné comme une fédération de facultés, d’instituts et d’écoles. C’est au cours des années 1970 qu’elle entame son processus d’institutionnalisation, qui aboutit, en 1975, à la publication de sa Charte et de ses Statuts.

En 2002, elle lance un plan stratégique « USJ 2007 » qui vise à revisiter sa vision, à fixer des objectifs stratégiques et à se doter de moyens pour leur mise en œuvre.

En 2003, elle s’inscrit dans le Processus de Bologne et adopte le Système européen de crédits transférables, European Credit Transfer System (ECTS).

Elle se soumet à une évaluation institutionnelle externe auprès de l’Agence d’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (AERES) engageant toutes ses institutions. Elle obtient la certification de l’AERES en 2009.

En 2012-2013 le processus d’institutionnalisation s’accélère. De nombreux groupes de travail sont constitués : commissions permanentes (académique, administrative, relations internationales et vie étudiante) et commissions ad hoc. Ils mettent à contribution toutes les parties prenantes de l’Université : administratifs, enseignants, étudiants, anciens. Un Guide ECTS pour l’USJ, ainsi qu’un Manuel de pédagogie universitaire USJ sont publiés, harmonisant les approches académiques et pédagogiques de l’Université. En 2013-2014 le Code de l’enseignant- chercheur est finalisé.

En septembre 2015, l’Université Saint-Joseph s’engage officiellement dans le processus d’Assurance qualité en vue de son accréditation institutionnelle. Un Comité de pilotage stratégique, présidé par le Recteur, est créé et un Délégué du Recteur à l’Assurance qualité et la Pédagogie universitaire est nommé. Une Feuille de route, précisant la vision et le plan d’action de ce processus, est validée par le Conseil de l’Université en octobre 2015. Une petite équipe de pilotage opérationnel procède alors à l’identification d’une agence d’accréditation internationale, rédige une Référentiel qualité USJ, conçoit et met en œuvre une démarche et des outils de recueil et de traitement de données, lance et pilote le processus d’autoévaluation, ceci en adoptant une approche participative, impliquant toute la communauté de l’Université.

En mars 2019, l’USJ obtient l’accréditation institutionnelle, sans condition, de l’agence européenne ACQUIN.

Par ailleurs, les institutions dont les programmes peuvent obtenir des accréditations s’y sont attelées.