L’Institut supérieur de sciences religieuses s’inscrit dans la tradition d’enseignement et de recherche théologiques de l’Université Saint-Joseph inaugurée en 1881 par la Faculté de théologie, elle-même issue d’un séminaire fondé à Ghazir en 1846. À celle-ci a été rattaché en 1963 le cours supérieur de formation religieuse, appelé en 1970 «Institut supérieur de formation religieuse» (ISFR), créé pour répondre au désir de l’assemblée des supérieures générales des Instituts religieux féminins au Liban.

Lorsqu’en 1974, le cycle d’études propre aux clercs fut transféré à la hiérarchie catholique des Églises du Liban, la Faculté de théologie est devenue Faculté de sciences religieuses. Puis, en 1980, celle-ci et l’ISFR, hormis le département d’études islamo-chrétiennes, ont été intégrés dans l’Institut supérieur de sciences religieuses (ISSR).

En juin 2000, lorsqu’a été créé au sein de l’Université Saint Joseph un pôle concerté d’enseignement et de recherche en sciences religieuses faisant revivre la Faculté des sciences religieuses, l’ISSR est devenu Institut rattaché à cette Faculté. Avec les nouveaux statuts de cette dernière, établis en février 2009, l’ISSR, intégré dans la Faculté, en devient une des composantes majeures.