Le metabarcoding est une méthode rapide d'évaluation de la biodiversité qui combine deux technologies: l'identification basée sur l'ADN et le séquençage d'ADN à haut débit. Il aide à évaluer la biodiversité à partir de l'ADN environnemental (ADN obtenu à partir des sédiments, des sols, de l'eau, etc.). Il a un large éventail d'applications: surveillance de la biodiversité, évaluation du régime alimentaire des animaux, reconstruction des paléo-communautés, etc. Le metabarcodage de l'ADN nécessite des compétences en bioinformatique et en biostatistiques pour analyser les résultats du séquençage. Ce cours fournira aux étudiants les connaissances de base et les compétences nécessaires pour appliquer l'approche de métabarcoding à l’ADNe. Il comprendra des informations sur l'échantillonnage sur le terrain et les expérimentations au laboratoire. Les applications sur l’ADN sédimentaire, les analyses du régime alimentaire, les études du paléo-ADN, la métagénomique des communautés microbiennes seront discutées. Ce cours fournira également un aperçu de l'état de la technologie actuelle et des différentes plates-formes utilisées. Le programme de cours comprend des conférences et des analyses de données pour fournir aux étudiants une compréhension approfondie de l'utilisation de l'ADNe dans l'écologie moléculaire. English DNA metabarcoding is a rapid method of biodiversity assessment that combines two technologies: DNA based identification and high-throughput DNA sequencing. It helps assessing biodiversity from environmental DNA (DNA obtained from sediments, soils, water etc). It has a wide range of applications: biodiversity monitoring, animal diet assessment, reconstruction of paleo communities, among others. DNA metabarcoding relies on molecular techniques such as PCR and next generation sequencing, and requires bioinformatics and biostatistics competence to analyze sequencing results. This course will provide the students with the basic knowledge and skills required to apply the eDNA metabarcoding approach. It will include information on field sampling and wet lab design. Applications of DNA metabarcoding in sedimentary DNA, diet analyses, paleoDNA studies, metagenomics of microbial communities, will be discussed. This course will provide also an overview of the state of current technology and the various platforms used. The course program includes lectures, and data analysis to provide the students with a thorough understanding of the use of eDNA in molecular ecology, with hands-on experience.

Temps présentiel : 10 heures

Charge de travail étudiant : 50 heures

Méthode(s) d'évaluation : Analyse d'article

Référence :
Creer S, Deiner K, Frey S, Porazinska D, Taberlet P, Thomas WK, Potter C, Bik HM. (2016) The ecologist's field guide to sequence‐based identification of biodiversity. Methods in Ecology and Evolution, 7(9):1008-18. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.12574/full Wangensteen OS, Turon X. (2016) Metabarcoding techniques for assessing biodiversity of marine animal forests. In Rossi S. (Ed) Marine animal forests. Thomsen PF, Møller PR, Sigsgaard EE, Knudsen SW, Jørgensen OA, Willerslev E (2016) Environmental DNA from Seawater Samples Correlate with Trawl Catches of Subarctic