Le laboratoire des agents pathogènes (Faculté de pharmacie – USJ), dirigé par Pr Dolla Karam Sarkis,  a été nommé par le ministère libanais de la Santé publique « Laboratoire national de référence pour le bon usage et la résistance aux antibiotiques » ainsi que pour le contrôle qualité des laboratoires de biologie clinique au Liban.

Date de création
14/03/2011

Membre du laboratoire

Directeur
Pr Dolla Karam Sarkis

Enseignants-Chercheurs
Dr Carole Ayoub Moubareck
Dr Tarek Itani
Dr André Adaime

Techniciennes et Assistantes de Recherche
Mme May Mallah Hamdan
Mlle Danielle Chaaya

Description
Ce laboratoire constitue une plateforme de diagnostic et de recherche en Microbiologie et en biologie moléculaire en plus d’une activité de contrôle qualité en microbiologie.
Les activités au laboratoire des agents pathogènes :
1-La bactériologie et bactériologie moléculaire : culture, identification et antibiogramme.
2-Le diagnostic bactériologique et virologique par biologie moléculaire : HBV quantitative, HCV quantitative, génotype HCV, HIV-1 quantitative, pathogènes sexuellement Transmissibles (STD).
3-Le Contrôle de qualité microbiologique des produits alimentaires : des produits de santé, cosmétiques, denrées alimentaires et eau.
4-La recherche : une des principales activités du laboratoire ou plusieurs axes de recherche sont développés en partenariat avec des laboratoires nationaux et internationaux

Axes de Recherche
Axe 1: Microbiote intestinal humain et pathologies associées
Axe 2 : Résistance aux antibiotiques – Observatoire
Axe 3 : Étude des rôles des peptides antimicrobiens dans la lutte contre les infections bactériennes pulmonaires: Cette activité d’une importance capitale pour l’avenir de thérapie des maladies infectieuses en présence de germes e plus en plus résistants est développée en collaboration avec l’institut pasteur de Paris et l’hôpital Cochin.  
Axe 4 : Le controle qualité microbiologie. Effet de la congélation de la viande de volaille fraîche sur les niveaux d'activité de β-Hydroxy Acyl Co-A DeHydrogenase (HADH) et sur le dénombrement bactérien.

Master
• Étude épidémiologique du microbiote intestinal et buccal dans la population Libanaise. – Mlle Jennifer Assaf
• Microbiote intestinal et colique infantile. – Mlle Christine Haddad
• Effet de la Spirulline sur flore intestinal chez la souri – Mme Nicole Sayegh
• Colonisation des intestins du nouveau-ne et effet des antibiotiques pris durant la grossesse. – Dr Bassam Eid

Thèses de doctorat
• Étude de la dispersion des bactéries résistantes dans l'environnement et l’eau au Liban. – Mlle Wadad Hobeika
• Transmission des bactéries résistantes dans le système animal au Liban. – Mlle Myriam Mikhael
• Microbiote intestinal et Maladies neuropsychiatriques. – Mlle Rouba El Khatib
• Microbiote Intestinal Et Greffe De Moelle Osseuse. – Mlle Crystel Hajjar
• Étude des rôles des peptides antimicrobiens dans la lutte contre les infections bactériennes pulmonaires. – Mlle Regina Geitani
• Effet de la congélation de la viande de volaille fraîche sur le niveau d'activité de B- Hydroxy Acyl Co-A Déshydrogénase et sur le dénombrement bactérien. - Mlle Désirée Hajj
• Entérobactéries productrices de carbapénémases, comment maitriser le risque pandémique dans les pays à revenus moyens ou faibles. - Mlle Rindala Saliba

Thèses soutenues dans le laboratoire
•Dalal Hammoudi (2014): «The threat of carbapenem resistance in Gram negative pathogens»
•Tarek Itani (2017) : « Etude du microbiote intestinal du nouveau-né prématuré et entérocolite ulcéro-nécrosante » (en co-direction avec Pr BUTEL, Université Paris Descartes)
•Micheline Hajjar (2018) : «Molecular epidemiology of resistance and assessement of Colistin-Carbapenem activity against Acinetobacter species isolated from Lebanese hospitals» (en co-direction avec Pr Ziad Daoud, University of Balamand)

Publications
•Hajj A, Adaimé A, Hayajneh W, Abdallah A, Itani T, Hakimé N, Mallah M, Alsamarneh R, Badal R, Sarkis DK. Post Syrian war impact on susceptibility rates and trends in molecular characterization of Enterobacteriaceae. Future Microbiol. 2018 Sep; 13:1419-1430. doi: 10.2217/fmb-2018-0109.
•Moubareck CA, Fekry S, Pál T, Ghazawi A, Halat DH, Nabi A, AlSharhan MA, AlDeesi ZO, Peters CC, Celiloglu H, Sannegowda M, Sarkis DK, Sonnevend A. Clonal emergence of Klebsiella pneumoniae ST14 co-producing OXA-48-type and NDM carbapenemases with high rate of colistin resistance in Dubai, United Arab Emirates. International journal of antimicrobial agents. 2018 Mar 9.
•Itani T, Ayoub Moubareck C, Melki I, Rousseau C, Mangin I, Butel MJ, Karam Sarkis D. Establishment and development of the intestinal microbiota of preterm infants in a lebanese tertiary hospital. Anaerobe. 2017; 43:4-14.
•Itani T, Ayoub Moubareck C, Melki I, Rousseau C, Mangin I, Butel MJ, Karam Sarkis D. Preterm infants with necrotising enterocolitis demonstrate individual and unbalanced gut microbiota. Acta Paediatrica. 2017. DOI:10.1111/apa.14078
•Hammoudi D, Moubareck CA, Sarkis DK. Heterogeneity of carbapenem resistance mechanisms among Gram-negative pathogens in Lebanon: Results of the first cross-sectional countrywide study. Microbial drug resistance. 2017 Jan; 23: 733-743.
•Soudeiha MA, Dahdouh EA, Azar E, Sarkis DK, Daoud Z. In vitro evaluation of the colistin-carbapenem combination in clinical isolates of 11 using the checkerboard, Etest, and time-kill curve techniques. Frontiers in cellular and infection microbiology. 2017; 7:209.
•Hajjar M, Dahdouh E, Daoud Z, Sarkis DK. Phenotypic and genotypic detection of beta lactamases in Acinetobacter spp. isolates recovered from Lebanese patients over a period of one year. Journal of global antimicrobial resistance. 2017
•Hammoudi D, Moubareck CA, Sarkis DK. Carbapenem-resistant Gram-negative bacilli. Antibiotic Resistance. 2016 Jan; 93-119.
•Hammoudi D, Moubareck CA, Hakime N, Houmani M, Barakat A, Najjar Z, Suleiman M, Fayad N, Sarraf R, Sarkis DK. Spread of imipenem-resistant Acinetobacter baumannii co-expressing OXA-23 and GES-11 carbapenemases in Lebanon. International Journal of Infectious Diseases. 2015 Jul 1;36:56-61.
•Hammoudi D, Ayoub Moubareck C, Kanso A, Nordmann P,  Karam Sarkis D. Surveillance of carbapenem non-susceptible gram negative strains and characterization of carbapenemases of classes A, B, and D in a Lebanese hospital.   Lebanese Medical Journal. April 2015; 63(2):66-73·
•Hammoudi D, Moubareck CA, Aires J, Adaime A, Barakat A, Itani T, Sarkis DK. Countrywide spread of OXA-48 carbapenemase in Lebanon: surveillance and genetic characterization of carbapenem-nonsusceptible Enterobacteriaceae in 10 hospitals over a one-year period. International Journal of Infectious Diseases. 2014 Dec; 29:139-44.
•Hammoudi D, Moubareck CA, Sarkis DK. How to detect carbapenemase producers? A literature review of phenotypic and molecular methods. Journal of microbiological methods. 2014 Dec 1;107:106-18.

Collaborations nationale
-Le laboratoire de microbiologie de l’université Américaine de Beyrouth
-Le département de microbiologie de l’université de Balamand
-L’Institut de Recherche Industrielle (IRI)
-L’OMS
-Le ministère de la santé publique du Liban
-Le ministère de l’agriculture du Liban

Collaborations internationales
-Le service de la résistance aux antibiotiques de l’institut pasteur de Paris
-Equipe «Mucoviscidose et bronchopathies chroniques" Institut Pasteur.
-INSERM U938; Hôpital Saint - ANTOINE
-Le laboratoire des agents pathogène de la faculté de pharmacie Paris – Descartes : unité Ecosystème intestinal, probiotique, antibiotiques.
-Conservatoire national des arts et métiers (CNAM), Laboratoire d’Ecologie Microbienne (MIEL).
-Institut National de la Recherche Agricol (INRA) : unité Infectiologie et Santé Publique, Tours
-Institut National de la Recherche Agricol (INRA), Laboratoire Genotoul, unité Anti infectieux : support moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques, Limoges.
-Le laboratoire de microbiologie clinique-Hôpital Avicenne de la faculté de medecine -Paris 7, unité : Infection, Antimicrobials, Modeling, Evolution.