فـي أيلـول 2007 ، دشّـن معهـد الدراسـات الإسـلاميّة والمسـيحيّة برنامـج "الماسـتر فـي العلاقـات الإسـلاميّة-المسـيحيّة"، باللغـة العربيّـة. وفـي أيلـول 2011 ، افتتـح المعهـد برنامجًـا مماثلًا باللغـة الفرنسيّة. مـن حيـث منهجـه الأكاديمـي، يسـعى هـذا البرنامـج إلـى المسـاهمة فـي إرسـاء أسـس الحـوار بيـن الأديـان، وفـي تحقيـق السـلام المدنـيّ وتوطيـد أواصـر العيـش المشـترك الثقافـيّ والدينـيّ بيـن الأفـراد والمجتمعـات، خاصـة فـي لبنـان والشـرق الأوسـط
يهــدف الماســتر إلــى تنشــئة كــوادر فاعلــة فــي مختلــف مجــالات العلاقــات الإســلاميّة-المســيحيّة، بغيــة تعزيــز الإدارة الديموقراطيــّة للتعدّديّــة الدينيّــة والثقافيّــة فــي لبنــان وفــي المجتمعــات المماثلــة. كمــا وإنّـه يســعى إلــى تنشــئة الطــلاب علــى منهجيــات المقارنــة ومقاربــة الواقــع بانفتــاح وروح نقديّــة. تُعتمــد فــي هــذا الماســتر منهجيّــات تطبيقيّـة فــي سـبيل ترجمـة المعرفـة ثقافـةً وقـدراتٍ وسـلوكًا يتكيّــف مــع الحــالات والوقائــع المتشــعّبة
